Худжандская крепость основана в 6—5 вв. до н. э. Согласно данным, полученным Северо-Таджикской археологической комплексной экспедицией (СТАКЭ), Худжандская крепость сначала была окружена насыпным валом, позднее стеной значительной толщины из сырца.
Город и цитадель — составные части античного Худжанда, имели отдельные крепостные стены, окруженные широким и глубоким рвом, наполненным водой. Остатки этих укреплений обнаружены под центральной частью левобережного Худжанда и окружают территорию древнего города площадью 20 га.
В 6—7 века строится новая крепость. Средневековый Худжанд состоял из трех основных частей: цитадель, шахристан и рабад. Цитадель располагалась на берегу Сырдарьи у ворот рабада. Средневековая Худжандская крепость считалась одной из самых укрепленных в Средней Азии.
Во время нашествия Чингисхана (1219—1220 гг.) для осады города было направлено 25-тысячное войско с 50 тыс. среднеазиатских пленников. Героическая оборона Худжандской крепости и расположенного недалеко от него острова на Сырдарье под руководством Тимурмалика составляет одну из ярких страниц в истории освободительной борьбы таджикского народа. В результате монгольского нашествия Худжандская крепость была разрушена. По сообщению историка Хофиза Абру, в начале 15 века крепость лежала в руинах. По сведениям Захириддина Бабура уже в конце 15 века крепость была восстановлена и являлась резиденцией местного правителя.
